夜不岸果奈の小説のタイトルは「赤と黒が見えない」です。
これに従って謎Aに描かれた図形から赤と黒の図形を無視して読むと、答えは「ロープ」になります。

割れた部分を無視して、残りの漢字のパーツを組み合わせると、答えは「掲示板」になります。

描かれているサイコロの出目に従って通ったマスを読むと、答えは「みどりのほんだな」になります。

それぞれの色に対応する文字を読むと、答えは「バイオリン」になります。

鍵尾掛子の証言シートにあるロープ、江連木鳴の証言シートにある看板は、どちらも同じ赤茶の汚れがついています。
よって①には「ロープ」、②には「看板」が当てはまります。
それぞれの単語を半透明の「思考シート」から探し、指示に従って紙を折りましょう。

証言シートから確認すると、江連木鳴が赤いハートの南京錠を持っています。
この南京錠に思考シートのハートを重ねて赤い矢印に重なる4文字を読みましょう。
1文字目は「は」になります。

江連木鳴の証言シートによると、エレキは21:40頃に実行委員会の部室におり、
江連木鳴の追加証言からは、エレキは事件について何も知らないことが分かります。
よって空欄には「実行委員会」「知らない」が当てはまることが分かります。
この2つを思考シートから探し、それぞれ山折りしましょう。山折りしたら矢印の変化を確認し、新たな疑問を導きましょう。

防音設備のある部屋の中で窓が割れる音を聞いた人物が1人だけいます。
その人の名前を解答しましょう。

今までの情報を整理すると3階のトイレから現場を確認したのは「ヨミカキ」と「カギオ」です。
この空欄に埋まる2つの単語を思考シートから探し、それぞれ山折りしましょう。
また、この状況ではある矛盾が起きています。
地図や写真を見比べながら3階のトイレについて確認しましょう。

「鍵尾掛子の証言シート」には、文芸部の鍵をヨミカキ君に渡した事が書かれています。
よってAには「文芸部部室」、Ｂには「鍵」が当てはまります。
次にＣ・Ｄに当てはまる単語ですが、部室の鍵を持っているのなら、どのようにして原稿を盗むのかを考えましょう。

地図を山折りするとこのようになります。

この状態でEFに対応する図形を同時に作りましょう。
作るには今まで折りたたんだ地図と思考シートを使います。